Em 1501, quando a expedição de Gaspar de Lemos funda feitorias no litoral da colônia portuguesa na América, tem início o processo de colonização de Pernambuco. Anos depois, Cristóvão Jacques foi incubido de defender o litoral de pernambuco de embarcações de outras nações. A feitoria de Cristóvão Jacques, erguida na entrada do Canal de Santa Cruz, em Itamaracá, tem por objetivo estabelecer um vínculo com os nativos, procurar informações acerca de possíveis riquezas no interior e rechaçar possíveis investidas de outras nações à costa brasileira. Em 1534, a capitania de Pernambuco foi doada a Duarte Coelho Pereira, influente navegador e soldado, português filho bastardo de família nobre do Entre-Douro e Minho, que fundou Igarassu, Olinda e Recife e iniciou a cultura da cana-de-açúcar, que teria importante papel na história econômica do país. A capitania de Pernambuco originalmente se estendia por 60 léguas entre o Rio Igaraçu e o Rio São Francisco, e era chamada Nova Lusitânia. Era responsável pela maior parte da produção de açúcar, o chamado ouro branco, na América e uma das capitanias mais florescentes.
Durante o período colonial, por séculos a capitania de Pernambuco foi a de maior destaque do Brasil, devido ao cultivo da cana-de-açúcar. A importância e influência da então capitania ficou evidente já em meados de 1550, quando o governador-geral Tomé de Sousa fiscalizou todas as capitanias da colônia, exceto a de Pernambuco, por exigência de seu capitão donatário Duarte Coelho.
Em 1595, a já cobiçada capitania sofre um duro golpe. O corsário inglês James Lancaster toma o povoado do Recife de assalto e nele passa um mês saqueando as riquezas trazidas do interior. Zarpa com nada menos que quinze navios abarrotados pela pilhagem. Um dos maiores butins da história da pirataria.Em 1630 a Companhia Neerlandesa das Índias Ocidentais (WIC) voltou os seus interesses para a mais promissora das capitanias da Colônia Portuguesa na América. Por ocasião da União Ibérica (1580 a 1640) os então chamados Países Baixos, antes dominados pela Espanha tendo depois conseguido sua independência através golpe na Espanha, ao mesmo tempo em que tirariam o prejuízo do fracasso na Bahia. Em 26 de dezembro de 1629 partia de São Vicente, Cabo Verde, uma esquadra com 66 embarcações e 7.280 homens em direção a Pernambuco.
Em fevereiro de 1630 foi avistada no horizonte pernambucano a armada flamenga, cuja maior parte dirigiu-se para o norte da capitania por estar o porto do Recife bem guarnecido por fortificações e peças de artilharia. O desembarque deu-se na praia do Pau Amarelo. Uma débil resistência foi organizada na travessia do Rio Doce, porém logo derrotada pela superioridade numérica holandesa. Olinda também não opôs grandes contratempos. As parcas estruturas de defesa e a desorganização militar contribuíram para uma queda mais rápida das defesas portuguesas. Em seguida, dirigiram-se as tropas invasoras ao povoado do Recife, o qual oporia uma maior resistência devido aos já construídos fortes
Até 1654, a capitania ficou sob o domínio da WIC, passando por importantes transformações culturais, econômicas e sociais no governo do conde Maurício de Nassau. Olinda, por ser um ponto de difícil defesa, segundo a concepção holandesa, foi abandonada e incendiada pela tropa flamenga. A então vila do Recife ('Mauritsstad'), por ser um local baixo, de alagadiços e mais fácil para defender, segundo a concepção militar flamenga, passou a ser a sede do governo holandês na América, vivendo anos de prosperidade sob o comando de Nassau, ultrapassando Olinda em importância regional através da construção de pontes, escolas, obras de infra-estrutura e saneamento. Essa mudança de rumo do governo, passando de quase que unicamente exploração por Portugal para algo mais aproximado com uma colônia de povoamento, fez alguns colonos se rebelarem contra Portugal. Entre eles, temos o nome de Domingos Fernandes Calabar, que lutou contra a resistência portuguesa até o fim de sua vida.Em 15 de maio de 1645, reunidos no Engenho de São João, 18 líderes insurretos pernambucanos assinaram compromisso para lutar contra o domínio holandês na capitania. Com o acordo assinado, começa o contra-ataque à invasão holandesa. A primeira vitória importante dos insurretos se deu no Monte das Tabocas, (hoje localizada no município de Vitória de Santo Antão) onde 1200 insurretos mazombos munidos de armas de fogo, foices, paus e flechas derrotaram numa emboscada 1900 holandeses bem armados e bem treinadosO sucesso deu ao líder Antônio Dias Cardoso o apelido de Mestre das Emboscadas. Os holandeses que sobreviveram seguiram para Casa Forte, sendo novamente derrotado pela aliança dos mazombos, índios nativos e escravos negros. Recuaram novamente para as casas-forte em Cabo de Santo Agostinho, Pontal de Nazaré, Sirinhaém, Rio Formoso, Porto Calvo e Forte Maurício, sendo sucessivamente derrotados pelos insurretos. Por fim, Olinda foi recuperada pelos rebeldes. Cercados e isolados pelos rebeldes numa faixa que ficou conhecida como Nova Holanda, indo de Recife a Itamaracá, os invasores começaram a sofrer com a falta de alimentos, o que os levou a atacar plantações de mandioca nas vilas de São Lourenço, Catuma e Tejucupapo. Em 24 de abril de 1646, ocorreu a famosa Batalha de Tejucupapo, onde mulheres camponesas armadas de utensílios agrícolas e armas leves expulsaram os invasores holandeses, humilhando-os definitivamente. Esse fato histórico consolidou-se como a primeira importante participação militar da mulher na defesa do território brasileiro.Em 19 de abril de 1648, os holandeses romperam o cerco, dirigindo-se para Cabo de Santo Agostinho. O local foi palco de duas importantes batalhas da história militar brasileira - as duas Batalhas dos Guararapes - a primeira ocorrendo assim que os invasores chegam ao local, e a segunda pouco menos de um ano mais tarde, em 19 de fevereiro de 1649. O destino dos invasores foi selado com a segunda Batalha dos Guararapes, porém os invasores permanecem cercados até 1654. No dia 20 de janeiro desse ano, foram penetradas as últimas defesas holandesas, forçando os invasores a assinar um tratado de rendição. Após 24 anos de dominação holandesa sobre Pernambuco, após 62 horas de negociação, em 27 de janeiro de 1654 na Campina da Taborda, os holandeses se renderam incondicionalmente, entregando as 73 chaves da cidade maurícia aos insurrretos vitoriososA Insurreição Pernambucana foi um marco importante para o Brasil, tanto militarmente, com a consolidação das táticas de guerrilha e emboscada, quanto socio-politicamente, com o aumento da miscigenação entre as três raças (negro africano, branco europeu e índio nativo) e o começo dum sentimento de nacionalidade.
O historiador pernambucano Evaldo Cabral de Mello comenta em sua obra «A fronda dos Mazombos»[1], que, em 27 de janeiro de 1654, o exército de Sigismund van Schkoppe se rendeu no Recife, pondo fim a um quarto de século de domínio holandês, e «cinquenta anos depois parte da «nobreza da terra», ou seja, dos filhos e netos dos que haviam restaurado a suserania portuguesa, promovia uma sedição contra o governador Castro e Caldas», que governou Pernambuco de 1707 a 1710. E que, na historiografia brasileira, a chamada Guerra dos Mascates» (ver a seguir) representaria «um caso típico de ´carro diante dos bois´, utilizada «como marco romanesco em obras de José de Alencar ou de Franklin Távora. Segundo ele, Robert Southey, Varnhagen, Handelmann, Capistrano de Abreu (que apelida «os pais fundadores da historiografia brasileira») perceberam a conexão entre a experiência da guerra batava e os conflitos civis de 1710-1711. Sua obra é a tentativa de «preencher a lacuna que representa a inexistência de uma história da Guerra dos Mascates e do meio século que a precedeu».
Em 1630, com uma esquadra de setenta navios, os holandeses chegaram a Pernambuco, dominando, sem maiores problemas, Recife e Olinda, apesar dos preparativos de defesa efetuados por Matias de Albuquerque, governador de Pernambuco. O governador de Pernambuco, Matias de Albuquerque, afastou-se com o povo para o interior. Organizou-se a resistência entre Recife e Olinda num lugar por ele chamado Arraial do Bom Jesus. Matias Albuquerque ajudado por colonos e índios, consegui u resistir, usando o sistema de emboscada (ataques de surpresa). Esses foram denominados de Companhias de Emboscada. Apesar de os holandeses estarem mais bem armados e contarem com um contingente apreciável de soldados, a resistência luso-brasileira possuía a seu favor o fator surpresa aliado ao melhor conhecimento do terreno. Porém, essa situação se alterou com a passagem de Domingos Fernandes Calabar, que era conhecedor da região, para o lado holandês. Calabar foi uma peça de fundamental importância para os holandeses expandirem o seu domínio territorial no nordeste. O Arraial foi cercado durante seis meses pelos holandeses e Matias de Albuquerque fugiu para Alagoas. Ao passar em Porto Calvo, aprisionou Calabar, que foi enforcado. Pelo fato de ter sido derrotado, Matias foi preso para Portugal. Os ataques aos canaviais estavam prejudicando a produção de açúcar, e a Companhia das Índias Ocidentais estava perdendo dinheiro. A Companhia, então, indicou para governar os domínios holandeses no Brasil o conde João Maurício de Nassau-Siegen, que aqui permaneceu de 1637 a 1644.
Foram governadores e capitães-generais da capitania de Pernambuco neste período de 1654 a 1718Pernambuco foi palco de várias revoltas, revoluções e conspirações, em geral inspiradas pela Revolução Francesa, pela maçonaria e pelo Iluminismo. Idéias européias de liberdade, igualdade e fraternidade se espalhavam entre os pernambucanos mais afortunados, geralmente os aristocratas literatos dos engenhos de cana-de-açúcar. Chegou até mesmo a existir por alguns meses a República Pernambucana, resultado da Revolução de 1817. Apesar da última revolução datar do meio do século XIX, todas elas influenciaram profundamente o estado, e o fazem até hoje - a bandeira atual, por exemplo, foi instituída na Revolução de 1817.
